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En tema Windows el sendero esta perfectamente marcado. Ya que Microsoft publica libros que se utilizan para obtener sus certificados, así que esos libros contienen toda la información que se pueda necesitar sobre un S.O. determinado.

¿En gnu/Linux existe algo parecido? Puedo comprar algún libro con la certeza de saber que todo lo necesario esta ahí.
He buscado en librerías y bibliotecas y he visto tantísimo material, que desde mi ignorancia al respecto no soy capaz de dilucidar cuales son de verdad completos y me pueden aportar una buena base para poder moverme con soltura.

Linux no es windows, no es un solo sistema operativo..

Linux seria el componente formado con Kernel, herramientas y server X,

Hay muchos kernels (y varian poco entre si)

MUCHISIMAS Herramientas (de cada color debe haber unas 20)

y hay Muchos Server X (estos varian enormemente)

y cada "O.S" (ejemplo: ubuntu, suse, gentoo, redhat, slack, debian) tienen sus Formula X de estos componentes, kernel determinado configurado de cierta forma, sus herramientas y un Server X.

Todo esto forma lo que comunmente llamamos Linux.

Entonces al ser tan variado, es muy dificil que un libro tenga toda la informacion que necesitas. Debe haber libros que abarquen mucho y otros que se pasen narrando historias absurdas.

Seria bueno que comienzes leyendo por internet informacion sobre linux, y despues cuando tengas un campo mas visible, elijas sobre que realmente kieres aprender y compres un libro especifico.

Ya conozco un tanto gnu/Linux he visto Ubuntu, Kubuntu y OpenSuse. Pero se que me falta la base teórica.

Existen herramientas comunes, un árbol de directorios muy similar, los demonios creo que son los mismos y en general todas las distribuciones en el fondo tienen muchas similitudes. 

Posiblemente lo que me interesa sea el kernel ya que es lo que comparten todos, los gnu/Linux y lo que supongo que sabiendo como se relaciona con el resto de componentes, me permita tener una base con la que poder manejar cualquier distribución.

Claro que existen libros, muchos y muy buenos que te explican desde como empezar con la shell, administracion de servidores, hasta como desarrollar para el kernel.

Aqui te pongo unos cuantos.

http://oreilly.com/linux/

Ten en cuenta que aunque linux es libre, hay multitud de empresas metidas tanto en su desarrollo, como explotando todo su potencial y por lo tanto es necesario formar buenos profesionales con una documentacion de calidad.

Nosotros en un curso estamos usando un libro muy bueno de casi 1000 paginas (eso si, es caro de cojones, creo que 50 euros o asi) Eso si, es un gran libro muy recomendadisimo. No se si sera bueno para principiantes, pero lo explican todo y tiene muchisimos ejercicios, de hecho es un libro especialmente recomendado para sacarte el lpic 1.
(http://multimedia.fnac.es/multimedia/ES/images_produits/ES/ZoomPE/5/3/0/9782746054035.jpg)

Por el precio no te preocupes, en la biblioteca son gratis.
En algun lugar de la publicacion pondra el codigo ISBN,si me lo dijeras me ahorrarias el tener que buscarlo.

puff libros sobre linux hay muchos de varios temas ligados a linux, redes, hardware, software, servidores etc....

te aconsejo ha pesquisar en google books, (hay formas de bajar esos libros),  y en la web encuentras muchos gratis, yo tengo más de 100 libros de linux en fomato pdf nunca los lei todos y no sabria decirte de que hablan todos todo lo que pillo bajo.
Tambien los hay en librerias muy buenos si puedes gastar $ en libros.

Te aconsejo a que busques un autor que te guste a mi me gusta carlos morimoto como explica el linux, y despues ya te guiaras tu por autores que entren en linux de forma más o menos técnica, teninedo en conta los conocimientos que quieres y los que ya tienes.