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int ledPin = 11;
int ledPin1 = 9;
int cont=0;
int x=10;


void setup()  
{                
  pinMode(ledPin, OUTPUT);
  pinMode(ledPin1, OUTPUT);
}

void loop()                    
{
  cont=0;
  while (cont<255)
  {
    analogWrite(ledPin, cont);
    analogWrite(ledPin1, cont);  
    delay(x);
    cont=cont+3;
  }
  cont=255;
  while (cont>0)
  {
    analogWrite(ledPin, cont);
    analogWrite(ledPin1, cont);
    delay(x);
    cont=cont-3;
  }
}

/* Explicación:
* Conectamos los polos positivos de 2 led's a los puertos digitales 11 y 9, y conectamos los 2 negativos * al un puerto negativo. Configuramos los puertos como Salida, y declaramos un contador.
*
* En el primer While, se incrementa la potencia del led (Son puertos PWM) de 0 hasta 255
* (el máximo) y el el segundo While, lo contrario, de 255 a 0. Al ser la estructura Loop, esto se repite
* continuamente hasta que deseemos finalizar la aplicación. */

Wow . esto mola.
que es como programar un harware?. osea para que se encienda y se apague segun las ordenes que pongas?.

Estás programando un microcontrolador, que a la vez mediante los puertos manejará los LEDS.