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Hola. El problema está en el llenado de matriz con números aleatorios:

import random
n=input("Ingrese N")
m=input("Ingrese M")
matriz=[0][0]*4
i=0
j=0
while(i<n):
	while(j<n):
		matriz[i][j]=random.randint(0,100)
		j=j+1
	i=i+1
i=0
j=0
while(i<n):
	while(j<m):
		print matriz[i][j]
		j=j+1
	i=i+1

A ver si entiendo ... lo que quieres hacer es definir una matriz o lista multidimensional y cargarle valores random?
De ser así tienes que hacer algo como esto :P

import random
n=int(input("Ingresa las filas\n"))
m=int(input("Ingresa las columnas\n"))
matriz=[[0 for x in range(m)]for y in range(n)]
i=0
j=0
while(i<n):
	while(j<m):
		matriz[i][j]=random.randint(0,100)
		j = j+1
	i = i+1
	j = 0
i=0
j=0
print(matriz)

He obviado la última parte donde se mostraba uno a no los elementos de la matriz, ya que de este modo es más visual el modo en que quedan dichos elementos, de lo contrario sería más sencillo utilizar una lista y ya :P

Saludos

Muchas gracias Novlucker  ::)

La verdad me ayudaste a aprender sobre esto:

matriz=[[0 for x in range(m)]for y in range(n)]

Y sobre un error grave:

	while(j<m):
		matriz[i][j]=random.randint(0,100)
		j = j+1
	i = i+1
	j = 0#!!!ESTO!!!

Y la parte del muestreo de la matriz tampoco lo sabía:

print(matriz)

Ya que directamente me muestra la matriz como se debe

Agradecido  ::)

A todos nos toca aprender alguna vez!  ;D

Además ya lo he dicho alguna vez, algunos lenguajes se nos van oxiando, así que con gente preguntando es más fácil ponerlo en práctica y recordar  :P

Saludos