Hola amigos gracias por su ayuda, encontre como herramienta mas eficaz usar algún tipo de cronjob que actualize los recursos de todos los jugadores cada 5 minutos, no importa si en hacer este actualizado tarda mucho, ya que como es una aplicación independiente no interferirá con las acciones normales de los jugadores (construir edificios, ampliar tropas, etc) y los recursos se actualizaran cada 5 minutos sin inconvenientes.

Agradezco mucho las ideas de todos y seguiré adelante con mi proyecto 

Espero que nos invites a jugar cuando lo tengas terminado .

Yo aún sigo pensando en un sistema sin necesidad de usar cron y se me ocurrió la "brillante" idea (o cagada. Vete tu a saber) de crear un servidor para gestión de colas al que le llegen las peticiones y pueda realizar las actualizaciones en tiempo real (con un retardo mínimo) y poder mantener la integridad de datos en la bbdd.

Por ahora esta en pañales y le dedico poco tiempo pero creo que, aunque no se pueda usar para juegos online, se le puede encontrar alguna utilidad.

Si os apetece ver de que estoy hablando, en la documentación de php viene un ejemplo de un cliente-servidor en el que me estoy basando para construir mi aplicación. http://es2.php.net/manual/es/sockets.examples.php

Un saludo,

SaXo