Hola a todos soy nuevo y quisiera aportar puntualizando algunas cosas, que se me llamaron la atención al leer el articulo.

Afirmas: que la JVM esta muy ligada a java y Net soporta multiples lenguajes de programacion, es entendible tu punto, por la "especificación del Lenguake Comun" (CLS) que ha promocionado habilmente Microsoft, y algunos especifican como la "principal diferencia entre java y NET", que aunque yo no puedo debatir tecnicamente por que mis concocimientos son escasos en la materia, si lo pongo en duda, pero recurriendo al método de recopilar evidencias de hecho a  favor y en contra a continuación. 

- En Net se compilan varios lenguajes de programacion como C#, Vb, NetCobol, Delphi, PowerBuilder, etc, gracias al CLS que permite este variedad de lenguajes, y en la cual se basa la principal diferencia entre NET y java
- Fue una sopresa encontrar que en JVM, tambien se compilan otros lenguajes, entre ellos: Groovy , Jython(Python en JVM), Scala, Clojure (basado en Lisp), JPerl(basado en Perl), Kotlin, Ceylon (en beta por RED HAT), REL, JRuby,etc. muchos de a lo cuales no son una promesa si no un presente real y como señalan muchos entendidos tienen un futuro provisorio como: Groovy , Scala, Clojure (basado en Lisp)
 
Si java no tiene no tiene algo similar a CLS como hace el JVM para compilar varios lenguajes?, O posiblemente si tiene mecanismos similares al CLS de Net?, mas alla de responder esta pregunta. En la realidad y fines practicos esta principal diferencia entre Net y Java "no existe", pudiendo escoger Net por eje. si quieres programar lenguajes antiguos como Cobol o Pascal (de Delphi), o si te gusta python IronPython de Net o Jyton de Java, y si quieres usar lenguajes emergentes como Groovy, Escala o Clojure que corren en JVM, que un futuro también se podrian migrar a Net.

ADICIONALMENTE:
- C# es muy buen leguaje , que algunos lo han llamado java mejorado, y por lo que sé podria serlo en algunos aspectos, pero todavia no lo puedo afirmar, pero si agrego respecto a la portabilidad es, que JVM esta implementado en la actualidad un sinnumeros de plataformas diversas muy superior a la Net, siendo una mejor opción en grandes empresas, que tienen una mezcla de sistemas heterogenos como los mainfranes, que puede que algun dia las implemente Net, aunque no lo veo llegar ni en corto ni mediano plazo.
- Tambien pongo en el tapete una mayor madurez de java con JEE para aplicaciones empresariales de misión crítica, debido a su amplio e intensivo uso en las empresas en USA y Europa, lo que influye en la decision a la hora de elegir entre NET y JAVA en ambitos corporativos.

Net es mejor que JaVa? no creo que existan los argumentos suficientes para afirmarlo, que Net en un futuro puede superar a Java? es posible, siguie creciendo en caracteristicas y potencia ademas de tener buenos cimientos y respaldo de Microsoft. Tiempo lo dirá. Aunque la forma mas directa seria que Microsoft compre Oracle dueña de Java.

Ciertamente, no soy un experto, pero he tratado, de buscar y analizar por diversos lugares opiniones diferentes sobre el tema y ver sus fundamentos, por lo que es probable que me equivoque si alguno de Ustedes puede complementar o rectificar algo bienvenido.