Gracias a todos pero me sigue pasando lo mismo...

alguna solución más???

aparte de eso tengo esto que no se si afectará, pero he probado a quitarlo y sigue pasando igualmente:

 
const int WM_SYSCOMMAND = 0x112;
const int SC_MINIMIZE = 0xF020;
const int SC_CLOSE = 0xF060;
 
......
.....
protected override void WndProc(ref Message m)
        {
            if (m.Msg == WM_SYSCOMMAND)
            {
                if (m.WParam == (IntPtr)SC_CLOSE)
                    Application.Exit();
 
                base.WndProc(ref m);
            }
            else
                base.WndProc(ref m);
        }
 
.....

puede ser porque tengo muchas barras de herramientas y menús, y que de error al volver a cargarlas despés de poner el formulario en estado normal???

Esque como he dicho una de las barras de herramientas que tengo al volver el form al estado normal tampoco se carga bien, se queda en gris... entonces no se si es por eso..

@Hartigan esto funciona bien en mi máquina.

private void Form1_Resize(object sender, EventArgs e)
        {
            if (WindowState == FormWindowState.Minimized)
            {
                this.Hide();
                notifyIcon1.Visible = true;
            }
        }
 
        private void notifyIcon1_MouseDoubleClick(object sender, MouseEventArgs e)
        {
            this.Show();
            this.WindowState = FormWindowState.Normal;
            this.notifyIcon1.Visible = false;
        }

Porque no pruebas en otro PC, o en una máquina virtual.

Bueno solucionados los problemas. Parece ser que era porque se repetía muchas veces una misma función y creo que era porque usaba mucho el showDialog() en lugar de show(). Al parecer de momento funciona bien. xDD

Gracias por la ayuda a todos