Para creación de instaladores tienes muchos programas pagos y libres que tambien brindan protecciones para licencias el problema es que casi todos ya están crackeados. Si quieres ofrecer tu aplicación de forma paga con licencias lo más problable es que debas diseñar tu mismo un sistema de protección.

¿y porque no empiezas diciendo que BuildInstaller usas? 

InnoSetup es gratis, sencillo, muy comodo de usar (con la GUI IsTool), eficaz, y puedes añadirle licencia/EULA.

Algo mucho más profesional y con todo lo que puedas llegar a necesitar (licencia, introducir seriales, etc...), es InstallShield de Microsoft (obviamente es un producto de pago), aunque yo no lo usaría ni gratis.

Saludos!