La explicación que intentas darme es igual a la que sugeri desde el comienzo. Por tanto seria bueno si colocas la misma al comienzo del hilo para guiar a los usuarios que no lo sepan y asi no tengan que leer todo el post.

Existen herramientas para evitar instalar el net framework y si mal no recuerdo añadian a tu aplicación 20Mb para hacerla portable, eso en google lo encuentras porque yo nunca la use.

Si quieres hacer tu aplicación muy portable tendrias que cambiar de lenguaje C++ por ejemplo con QT, podrias llegar a tener 1 solo ejecutable sin dependencias y multiplataforma.

Para empezar puedes ver esto:

http://foro.elhacker.net/net/tutorial_como_abrir_tu_aplicacion_net_sin_net_framework_instalado-t222613.0.html;msg1075272

Respecto a QT, tendrias que volver a codificar tu aplicación en lenguaje C++ con QT (QT Creator + Visual C++ por ejemplo), osea empezar de 0, pero si estas acostumbrado a VB.NET no te lo recomiendo, porque tendrias que hacer mucho mas esfuerzo y le dedicarias mas tiempo para crear esa aplicación.