No se exactamente, pero y si comparas bytes por posicion del puntero seek? vas recorriendo offset por offset comprovando unas y otras y luego haces una simple regla de tres para ver cuanto coincide con cuanto.

Es una idea, quizas sea descabellado, quizás no.

Saludos

Tengo una idea que podría funcionar aunque lleva algo de matemática pero bueno los programadors somos matemáticos natos

Recorre todos los pixel de cada imagen comparando su valor hex, por cada pixel diferente sumaras +1 si es igual no sumaras nada en una variable A que usaras como buffer en una variable B sumaras +1 cada vez que compares un pixel con otro si al final A es igual a cero entonces la igual es igual si A es diferente que cero entonces es diferente para calcular el porcentaje entonces debes dividir  A entre B y multiplicarlo por 100, mira el ejemplo:

Public Class Form1
 
    Public Function GetPixels(ByVal I As Bitmap) As List(Of Integer)
        GetPixels = New List(Of Integer)
        Dim X As Integer = 0, Y As Integer = 0
 
        While X <> I.Width AndAlso Y <> I.Height
            GetPixels.Add(I.GetPixel(X, Y).ToArgb)
            X += 1
            Y += 1
        End While
 
    End Function
 
    Private Sub Form1_Load(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
        Dim I1 As New Bitmap("C:\1.jpg")
        Dim I2 As New Bitmap("C:\2.jpg")
 
        Dim A As Long = 0
        Dim B As Long = 0
 
        For Each C As Integer In GetPixels(I1)
            For Each D As Integer In GetPixels(I2)
                If C <> D Then
                    A += 1
                End If
                B += 1
            Next
        Next
 
        MsgBox("Diferentes: " & A & _
               vbNewLine & "Análizados: " & B _
               & vbNewLine & "Porcentaje de Diferencia: " & Math.Round(A / B * 100, 2) & "%")
 
    End Sub
End Class

Image Comparison in C#
Joder, Justo lo que necesitaba. Gracias seba123neo ;·)

Cada vez me doy mas cuenta de lo groso que este framework.

Jaja muy cierto, o nunca te vas a enterar de todas las clases que tiene.