Hola, les cuento como solucione un problema que tuve hace días generando un instalador con la edición express de visual c# 2010.
El problema es que no podía hacer funcionar mi base de datos en la maquina donde instalaba el sistema por error de permisos de usuarios utilizando la autentificacion de windows.
1) Agregue un nuevo proyecto de Base de Datos basadas en servicios.
2) Luego abre una pantalla para asignar una base de datos existente o no, en mi caso utilice la base que ya tenia en la capeta C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\MSSQL.1\MSSQL\Data.
3) Luego el asistente realiza una copia de la base de  datos al directorio de la aplicacion.
4) en app.config genera el siguiente codigo.

add name="baseConnectionString1"
            connectionString="Data Source=.\SQLEXPRESS;AttachDbFilename=|DataDirectory|\base.mdf;Integrated Security=True;User Instance=True"
            providerName="System.Data.SqlClient" />
5) Entonces en tu clase de conexion agregas
using System.Configuration;

y el codigo para conectar.
SqlConnection CON = new SqlConnection(ConfigurationManager.ConnectionStrings["baseConnectionString1"].ConnectionString.ToString());

                CON.Open();
                return CON;
6) luego generas la publicacion donde te deja el archivo setup.exe , todo lo que contiene en la carpeta donde se genero este archivo (se genera donde vos le indicas) mas las subcarpetas deben ir juntos para que el cliente lo instale en su maquina.

De esta manera podes enviarle solo el instalador  y podes modificar la conexion si es necesario luego de ser generado el setup abriendo con un bloc de notas el archivo  con extensión (.exe.config)