Pues no me preguntes como se hace porque no lo e hecho nunca pero se que con el subtitle workshop se puede tanto modificar como crear archivos de subtitulos asi como como por supuesto cambiarles el formato.
En la web de mi firma lo tienes a tu disposicion y no creo que sea muy dificil de manejar ya que esta en español.
Saludos...

Songoku

Con eso te esta diciendo que el audio es de bitrate variable y que si continuas se va a desfasar del video, y tambien te esta dando la solucion que no es otra que extraer el audio en wav y luego volverselo a insertar.

Para extraer el audio en wav pica en el menu 'archivo' y selecciona 'extraer wav'. Despues cuando lo tengas guardado sigue igual todos los pasos del tuto pero en el menu 'audio' debes seleccionar 'audio de un wav' y alli buscar y seleccionar el wav que antes guardaste. Pero esto no sustituye a ninguno de los pasos del tutorial ok? osea es algo suplementario que hay que hacer aparte de todo lo demas.

Lo de que no te salga el codec mpeg layer-3 lo arreglas instalando el codec de mp3 llamado 'radium codec' que puedes bajar de mi firma.
Y si no te sale la opcion de avi 2.0 es porque ahora en estas versiones del virtualdub esa opcion la han renombrado y la han dejado como 'guardar avi' asi a secas, asi que no elijas la opcion de avi 1.0 ok?.

Con esto ya no deberias tener problemas, pero cualquier otro problema si surge no dudes en consultarnoslo.
Saludos...

Songoku

Parece que la pista de audio de ese video esta un poco mal y no puede ser procesada aunque no se note al reproducir el video.
Prueba lo siguiente: en el menu 'audio' en vez de selecconar 'procesado completo' selecciona 'copia directa' y asi mismo tambien en el menu 'audio' ya no será necesario que entres en 'compresion' ni que selecciones el codec mpeg layer-3 ni ningun atributo. De este modo ese error ya no se producirá pero se corre el riesgo de quedarse sin sonido a media peli. Asi que al terminar comprueba si el sonido llega hasta el final, si llega pues perfecto, y si no pues dimelo e intentamos otras opciones.
Saludos...

Songoku

Entonces ese avi esta muy dañado. Si no te importa currartelo siempre puedes usar el camtasia studio cuyo manual tienes mas arriba para capturar la pantalla del virtualdub mientras reproduces la peli, asi obtendras un avi en perfecto estado al que podras insertar los subtitulos sin problemas y que quedará perfectamente.
Saludos...

Songoku