He vuelto a hacer el proceso con el TMPGEnc y ahora han quedado el audio y la imagen bien. A lo mejor tiene que ver el haber desinstalado los codecs y vuelta a instalarlos.

El caso es que ni antes ni ahora puedo configurar las opciones de video en Windows Media Player. Muevo la barra y se vuelve a poner en su posición original.

En otro reproductor sí que puedo. ¿Pero por qué no me deja en WMP?