Bueno entiendo lo que me dicen pero recuerden que si le mando al ms-dos "dir\n" eso no cambiaría de línea, en Java el "\n" si ocaciona un salto de línea pero en ms-dos como se representa esto?, aun no se. Es decir según lo que se ha dicho hasta ahora el problema sería que al mandarle los comandos al ms-dos este solo los recibe pero no los interpreta ya que no se presiona enter, bueno algo asi. Ahora el problema es como mandarle el comando en conjunto con algún caracter que éste entienda como un "enter". Bueno espero me puedan ayudar.

Nota: intente mandarle "dir\n" pero el resultado era el mismo, es como que no asimila el comando por lo tanto no hace nada.

Saludos.

es el mismo el final de linea y porque no intentas hacer flush al outstream
oser out.flush();