Si sabes C# te será sencillo aprender Java. Uno de los mejores libros en español es Como programar en Java de Deitel & Deitel. Es un libro muy extenso que abarca gran cantidad de temas. Empieza desde lo básico hasta llegar a temas de GUI y Web (éste último un poco básico).

Lo que más me agrada del libro es que tiene una gran cantidad de ejemplos y ejercicios y talleres al final de cada capítulo, lo que lo hace más aprovechable.

Si el inglés no es tu problema, te recomiendo Effective Java de Joshua Bloch. Es un libro 100% recomendado. Te hará mucho mejor programador Java.

Yendo un poco más profundo, hacia el tema Web, te recomiendo el libro de Cecilio Álvarez, Arquitectura Java sólida. Éste libro es una muy buena introducción hacia Java EE y es gratuito. En el libro aprendes a usar JSPs, Servlets, patrones de diseño y principios de desarrollo de software. También verás la API de persistencia JPA y su implementación más famosa Hibernate y frameworks MVC como JSF y Spring MVC.

Nunca pierdas tu instinto autodidacta. Investiga, prueba, descrubre y aprende.

Salu2.