Hasta donde sé, .NET no compila nativo (osea en x86/x64), sinó que genera comandos MSIL que son interpretados por el runtime de .NET.

Por eso es posible obtener el codigo fuente de los .NET con herramientas como Reflector.

Aquí debes tener en cuenta que hasta el mismo Reflector ha sido crackeado (Reflector esta hecho en .NET) y la proteccion del mismo se llama Smart Assembly.

Si las tooles externas que usas te dan positivo con los AVs y la protección que usas no es suficiente, deberías considerar cambiar a algo que compile nativo (hay muchas tooles para este tipo de programas, incluso puedes crear las tuyas) o bien, usar un lenguaje que use otro runtime/vm (y que no sea muy usado).

Saludos!

partamos de la base que todo lo que hagas no evita la ingeniería inversa! en todo caso la dificulta para los que están aprendiendo, pero alguien con conocimientos la aplicará de cualquier forma.!