el problema que tengo es que cuando inicio chrome, me sale una ventana diciendo que no se pueden leer mis preferencias, esto es incomodo, pues cada vez que configuras el navegador se pierde al cerrarlo.

La solucion es facil, tenemos que cambiar el propietario y el grupo del fichero de los siguientes archivos:

/home/USER/.config/google-chrome/Local\ State
/home/USER/.config/google-chrome/Default/Preferences

para cambiar el propietario y el grupo:
cd /home/USER/.config/google-chrome
sudo chown USER:GrupoUsuari Local\ State

cd Default
sudo chown USER:GrupoUsuari Preferences