La aritmética y la seguridad no se llevan muy bien...
las sumas, restas, mutiplicaciones y divisiones, generan redundancias. Una excepción es la función módulo, pero solo cuando se aplica sobre números primos.
 
Pero si quieres sumar y restar, suma y resta...

Que qué???... Concreta.

es un poco contradictorio.... diseñar un cifrado propio (con ideas ingeniosas de otros). ...ya no sería propio, no?.
Sería más coherente indicar: "diseñar un cifrado ...con ideas ingeniosas propias y de otros."

Lo único realmente importante en un algoritmo de cifrado es que sea seguro, así con o sin ideas ingeniosas si no reúne ese requisito, es mejor dejarlo (salvo que lo hagas como un ejercicio, pero si va destinado para producción estarás dejando con el culo al aire a sus posibles usuarios).
Te señalo que XOR, permite diseñar algoritmos de cifrado sencillos, pero poderosos, resistente a ataques... pero tu lo desprecias, como si tuvieras 500 opciones entre las que elegir.

Tú mismo...

Qué hay en el link? No me funciona Mega en mi navegador.

De todas formas ya tengo el cifrado funcionando. Tengo que mejorarle bastantes cosas, logica, hardening, e implementación y el descifrado. Lo escribí en javascript pero va destinado a PHP principalmente asique de paso que lo porto lo mejoro.