Hace años me dedicaba a hacer "acapellas" DIY, para mis cosillas musicales ^^. Descubri cierto plugin que da unos buenisimos resultados. Y lo mismo que sirve para hacer acapellas, sirve para quedarte con la base si lo usas correctamente.
Echa un vistazo aquí:
http://bit.ly/hP2XqKY aquí un tutorial que escribí sobre como usarlo:
http://bit.ly/es04vYEse es un método, y existe un par más. Pero ninguno (excepto teniendo grabado el master de grabación en su cinta o en WAV, no vale de un MP3 ni un mp3 pasado a WAV) te va a valer para tener una extracción de lo que deseas, limpia al 100%.
Salu2!