La mayoria de las aplicaciones de escritorio usan el protocolo TCP/IP, los juegos online prefieren el protocolo UDP
Pero no solo se quedan ahi, al mismo tiempo pueden usar el protocolo HTTP o FTP u otros, esto es porque se ordenarian verticalmente por capas.

Un protocolo es un sistema/forma de comunicacion, cuando creas una aplicacion cliente/servidor se comunica de la forma que vos digas (comandos, instrucciones), y bueno, como te pensas que se hicieron famosos y estandares los protocolos XMPP, FTP, etc, por su flexibilidad y simpleza

Nadie dice que se puede usar un protocolo y solo uno xD

Yo tengo la duda de que realmente uno no puede considerar que al crear una aplicación cliente /servidor este creándose un protocolo, porque para mi un protocolo es algo estandarizado algo que contiene un conjunto de reglas,  no se si tiene que estar estandarizado realmente para considerarse un protocolo, pero eso es para mi la definición de protocolo.

Y no te pongo en duda de que una aplicación puede usar múltiples protocolos xD