Bueno este tema lleva innactivo poco más de un mes, Pero creo que mi respuesta aporta al tema. Ya que como yo lo veo es TOTALMENTE POSIBLE hacer lo que el quiere, la solución es un poco compleja, pero solución al fin y al cabo. Claro al final encontrarás la solución más fácil y amigable.

Lo que se puede hacer es un daemon, o lo que en plataformas NT se conoce como un servicio, Por ejemplo, digamos que tus descargas van a la carpeta "Downloads", entonces lo que debes hacer es programar  un servicio que monitoree la carpeta. Entonces lo primero que hace es recolectar los nombres de los archivos existentes. una vez hecho esto revisar en un lapso de tiempo determinado la carpeta por cambios, si llegase a encontrar en algún momento que se ha agregado un nuevo archivo revisa de que tipo es, si es algún comprimido que pueda manejar se hacen las operaciones correspondientes para descomprimirlo, teniendo en cuenta y guardando la relación de los archivos que contiene el comprimido, en la próxima revisión, o incluso después de terminar la descompresión el servicio revisará por archivos ejecutables (exe, bat, vbs) lo que sea y ejecuta alguno de acuerdo a los parámetros que se le den (por ejemplo permitir la ejecución de exes por encima de bats, o ejecución secuencial), si se quiere monitorizar la ejecución pues es un grado de dificultad más. Luego el servicio permanecerá expectante a nuevos cambios en la carpeta y los cambios que se produzcan en la misma. Como ven es una solución un poco compleja, pero es el camino que propongo. Claro lleva tiempo y esfuerzo implementar todo eso.

--Solución más fácil--
La buena noticia es que esto se puede lograr con software ya existente de monitorización de folders como lo es WatchDirectory, como ven en la imagen se pueden realizar diversas y muchas tareas según los cambios que se presenten en un directorio, es justo lo que se quiere a fin de cuentas:


Eso es lo que pienso se puede hacer.

Espero el OP esté pendiente de esté hilo. Y bueno mi respuesta a un tema innactivo (no mucho tiempo) en definitiva a porta una solución, y es por eso que he posteado.

Saludos