Hola ZharkD... tengo una duda. Usted quiere entregar el script a sus clientes, cierto?
Pero que significa eso de remotearlo? Es necesario que el script se conecte a su
server (de alguna u otra forma) para que se "desencripte" o algo similar?

Hmmm... el problema en ese caso es que depende de su servidor. Es decir, siempre
existe una dependencia del cliente. No se que tipo de script sera, o cual es el proyecto.
Se puede instalar en una LAN? Que pasa si el cliente tiene una LAN pero no tiene acceso
a Internet? No funciona!  

Edito:
Por aca hay mas info, pero no me convence... revisela para ver si le funciona 
http://www.forosdelweb.com/f18/ofuscar-codigo-php-cifrar-333835/
http://jcarlosrendon.morelosplaza.com/herramientas/ofuscador.php
http://www.stunnix.com/
http://www.forosdelweb.com/f18/cifrar-codigo-php-368451/