Prueba:

Joder, es que a mi me pasó lo mismo pero no recuerdo como lo solucioné.
Luego busco el proyecto que creo que era y miro a ver...

De todas formas, si haces un inspeccionar elemento o ver código fuente, ¿que ruta te pone en el CSS?

Los includes no pasa nada si son rutas relativas, pero los css, las imágenes y los JS los podrías poner absolutas...

Yo lo que suelo hacer es crear en mi archivo de configuración una variable llamada $base con el directorio base, es decir, en este foro sería algo así como:
Aunque yo uso el modelo MVC así que realmente es
Pero vamos, el primer caso sirve.
Y luego en un js por ejemplo pones:

Eso es lo que hago YO.