¿De que tipo de despliegue estamos hablando? Las tres herramientas que mencionaste son herramientas de lado de cliente, realmente puedes poner cualquier cosa del lado del servidor.
¿Quieres automatizar el despliegue para escalar horizontalmente y/o para diferentes entornos? Amazon EC2 puede correr docker, así que no debería ser difícil tener un script que automatize el deployment. No se si estés pensando en usar algún otro servicio de Amazon, como lambda o así.
Puedes simplemente usar
Dokku con EC2 si estás interesado en un usar un PaaS sencillo. Usa archivos de configuración de Heroku, si sabes utilizar Heroku.
Si no puedes hacer algo sencillo con docker-compose. Hay varias builds para MEAN, LAMP, etc. en github por si quieres buscar.