SQL es el estándar. MySQL, como Transact-SQL y otros, es un gestor, con su propio SQL (SQL + varias adicciones).
MySQL está muy extendido en servidores web, diría que es lo que máste podría interesar, aunque en cualquier caso, da igual el gestor, sabiendo SQL podrás trabajar en todos.
En cuanto a libros, no tengo nada que decir. Te puedo decir
http://www.w3schools.com/sql/sql_intro.asp. No es un libro, es un tutorial, pero vaya. Te deja hacer pruebas en la web de SQL, así que es muy cómodo.