Si, todos los que haya siempre que hablemos de un S.O. moderno; no, hay una sola (en la placa madre) y si queres averiguar mas aca tenes donde:
http://en.wikipedia.org/wiki/Intel_APIC_Architecture
http://www.intel.com/products/processor/manuals/index.htm

No, cada CPU tiene sus registros.

No se hace referencia ... tu codigo no entiende de la existencia de uno o mas procesadores, el S.O. se encarga de ejecutar cada hilo donde debe dependiendo de la configuracion y en base a los algoritmos que use.