Hola!

Por lo poco que he visto del código en github, no estás lidiando con todo el tema de relocaciones.

A menos que lo que pongas en la nueva sección sea código PIC (https://en.wikipedia.org/wiki/Position-independent_code), si el código que agregas tiene relocaciones (variables, llamadas a API's), vas a tener que solucionarlas.

Una opción sería reemplazar por completo los headers y las secciones con relocaciones del ejecutable que infectas por las propias. De esa forma te aseguras que las relocaciones y las API's las resuelva el OS al cargar; pero es como que se pierde la "esencia" de lo que quieres hacer ya que lo que terminarás teniendo es tu porpio EXE con el agregado de algunas de las secciones del otro.

Saludos!