Hola, yo también estoy escribiendo un troyano pero no en Java sino en C++ con las librerias Qt4, te queria preguntar si tu troyano tiene soporte para capturar Webcam ya que esto me trae de cabeza para hacerlo multiplataforma. Si es asi ¿Como lo has logrado?.
Yo lo estoy intentando con OpenCV pero tengo problemas al compilarlo de forma estática y no encuentro nadie que sepa una solución.

Por si a alguien le interesa aqui esta el post de mi troyano:
http://foro.elhacker.net/analisis_y_diseno_de_malware/demonio_un_troyano_con_licencia_gpl-t313241.0.html