Ciertos tipos de malwares para linux si instalados mediante WIne pueden dar permisos a navegar en tu /home mas alla de eso mantener y disenar malware para Linux es una complicada tarea, Kernel top visto, actualizado y parchead, junto a root account.
Winderos tb se puede tapar bien pero necesitas de irle cambiando la raiz, en mi opinion Linux esta muy lejos para mejor de windows en cuanto en seguridad de sistema núcleo.
Y me parece una completa estupidez que muchas de las puertas de entrada sean programas muchas veces necesarios a qualquier user,con eso de adwares toolbars etc.
Una verguenza para mocosoft.