Lo que dices está lo mas normal de hacer, por ahi me dieron un par de ideas que tendré que traducir con "google 1337"

https://foro.elhacker.net/ingenieria_inversa/agregar_mas_caracteres_de_los_declarados_en_un_binario-t254313.0.html;msg1230610#msg1230610
eso de mapearlo o de modificar el puntero antiguo no le entendí ya que es primera ves que hago algo de este tipo (he aprendido muchisimo haciendo los stubs), lo que si pude entender es que en una parte se guarde el EOF, entonces al momento de inyectar el cuerpo del script en el binario solamente tendría que unir la parte 1 mas el script mas el EOF pero de alguna forma me dice como debo hacerlo para no corromper el binario pero ahi ya no supe como.
La idea está buena y tan buena como la de usar recursos como me dijo krackwar al inicio de la primera version

Bueno, ahi ya me dieron varias ideas que iré testeando en el camino, gracias.