Pues no, no tienes por que tener ninguna complicacion, simplemente se perderán todos los archivos

Un Saludo

Como dice cadacher, tendras que reinstalar todos los drivers.  Así que antes de formatear asegúrate de tenerlos todos para evitarte molestias.
Y cuando digo "todos los drivers" .... me refiero a "todos", tanto los de la mainboard, como los de video, audio, impresora, modem, scanner, etc.

Saludos.

Ten en cuenta que Formatear, implica la eliminación de todo dato de tu disco duro. Osea carpetas, archivos, drivers...todo.
Por eso es recomendable que hagas un backup, una copia de algunas cosas que consideres importante.

Sobree los drivers, bueno si es te recomendaría copiarlos, porque luego de formatear y de volver a instalar, vas a tener que volver a instalarlos, y bueno supongamos que te falte algun CD de algún driver.

Saludos
The Ghost