Vale que pregunta mas rara...te cargaras el sistema sabes? Cual es el propósito de este experimento?

live cd

no es necesario ningún livecd  

Basta con conceder derechos al archivo y ya :/

Luego es muy posible que no te deje borrarlo directamente desde la carpeta "c:\windows" porque te dirá que el archivo está en uso, pues basta con MOVERLO a otra carpeta como por ejemplo al escritorio, y alli lo borras, y ya puedes copiar/reemplazar el explorer.exe

Tambien basta con renombrar el archivo si te dice que está usandose por windows.


EDITO: preguntabas por un script... aqui te lo hago en un segundo XD

takeown /f "%windir%\explorer.exe"
icacls "%windir%\explorer.exe" /grant %username%:(F,M,DE,WDAC)
Ren "%windir%\explorer.exe" Explorer.exe.backup

REM Esta linea es para borrarlo: 
REM Del /Q /F "%windir%\explorer.exe.backup"
 

Aunque parezca raro, SI.

A mi me ha pasado, que no deja eliminarlo porque dice que está siendo usado por windows, pero en cambio permite moverlo de carpeta y/o renombrar el archivo para despues ya si poder eliminarlo.

XD

Primero termina el proceso desde el administrador de tareas...
(Ctrl+Alt+Supr) y despues desde el mismo administrador de tareas ve al menu archivo y le das en tarea nueva. Despues buscas el Explorer.exe y lo borras
Suerte

CTRL + SHIFT en algun lado del menú inicio sin botones -> Salir de Explorer