La utilización de uno u otro sistema de archivo depende de sus necesidades, aunque lo más aconsejable es tener una partición NTFS con la información más valiosa, puesto que entre otras características destaca por su elevada seguridad y la integración de los datos que se almacenan sobre particiones o discos duros con el sistema de archivos NTFS. Convertir una partición FAT16 o FAT32 a NTFS es muy sencillo. Para ello debes salir de todos las aplicaciones que estés usando y pulsar Inicio*Ejecutar* . Sobre la línea de ejecución teclea cmd y luego Enter;  también se puede hacer desde Inicio*Todos los programas*Accesorios*Símbolo del sistema); con esto accederás a la línea de comandos MS DOS. Una vez en ella teclea: convert X: /FS:NTFS (donde X es la letra de la unidad o partición a convertir), y comenzará el proceso de conversión. Una vez hecho esto, reinicia el sistema y la conversión será una realidad. No conviene realizar ninguna otra operación durante la conversión para evitar problemas en el sistema.
Nota: una unidad convertida a NTFS solo se puede volver a formatear desde Windows XP, pues el format de Windows 95/98*  no la reconocen. Tampoco se puede volver de NTFS a FAT. Hay que formatear el disco a bajo nivel.