Ve a MI PC, ve a la unidad de tu pendrive si la llega a detectar, click derecho y habrá la opción de formatear.

En caso de que no se detecte, descargate una distro live de linux o encuentra un pc con linux, metes el pendrive, lo abres y eliminas todo lo que haya en el. Si en un pc con linux no detecta el pendrive es que seguramente haya caído en combate y no funcione nunca mas por error electrónico o lo que sea pero no por ningún malware.