Recomandaria que vierás este tuto de Leo
 
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A ver, no te entiendo. Evidentemente, sea cual sea el resultado del IF, todo irá a parar a "rep.txt".

for %%x in (carlos.txt, xas.txt, foro.txt) do (
	if exist %%x (
                   echo Existe : %%x >> "rep.txt"
	) else (
            echo No existe %%x ......limpio >> "rep.txt"
	)
)

Es tu mismo código, lo edité para que muestre información más detallada.

Pon el contenigo de "rep.txt" después de ejecutar el código.

para mi q quiere q si exicte un determinada variable en los diferentes textos los ubique en un conjunto y si no lo tiene lo ubique en el otro...o sea como que hizo un for en forma muy textual...cuando necesita una serie de pasos y no solo en una con un for.
el planteo del problema seria mas o menos asi en texto1.txt texto2.txt y texto3.txt puede estar la palabra hola buscar en cada txt esa palabra y ponerlo en rep.txt sino poner en limpio.txt
bue para buscar una palabra en un txt seria
y despues seguiria un if...ojala ayude