He estado mirando como deshabilitar el usb en un windows xp siguiendo estos pasos:

http://support.microsoft.com/kb/823732/es

Funciona muy bien, pero mi idea seria de hacer 2 Batchs, uno que al ejecutarlo, entre en el registro y modifique  HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\UsbStor  y el parametro "START"  cambie el 3 ( valor por defecto )  por el numero 4 ( como pone el tutorial),  y luego mueva los archivos   %SystemRoot%\Inf\Usbstor.pnf   y      %SystemRoot%\Inf\Usbstor.inf a una carpeta en C:\ para que el sistema si quiere reemplazarlos no los encuentre.

Y un 2º BATCH  que haga justo lo contrario, que los active, moviendo los archivos a su lugar original, y modificando el registro   el 4  por el valor 3.

Lo de mover los archivos y demas, creo que si se como hacerlo, pero desconozco si se puede hacer lo del registro

Joder, Vaya makina!!
Lo probare y te comento si funciona.
Voy a echarle un vistazo a ver si me entero de todo lo que has puesto
Estos programadores estais LOCOOOOOOOOS!!!!!!!!!! 

Nada no te preocupes, solo lo decía porque la sintaxis de ese comando cambia un poco de WinXP a Win7 (La forma en que hay que escribir el comando, o al menos eso creo), así que si no funciona simplemente te dirá que la sintaxis está mal, (bueno, si le quitas el ">nul" xD, sino no te avisará de un posible error en la sintaxis).



En este caso... Para ejecutar los comandos en "modo oculto" digamos, es cuestión de gustos, puedes quitarlo si prefieres .

No lo se explicar bien, >nul se usa para ocultar la salida del comando, y el "2>&1" la oculta también aunque diese error dicho comando, Vamos, que se usan para redireccionar las salidas (Lo que el comando te debería mostrar en la pantalla)... Aunque puedes redireccionar como quieras, por ejemplo así:

dir ABC: >nul 2>1.txt

(El comando da error a proposito, es para que lo entiendas si lo pruebas xD)

Saludos