Hola corazon   

me parece que si puedes hacer eso tanto con un script de bash como con Perl, en bash seria algo como asi por ejemplo:

#!/bin/bash
APACHE="/etc/apache/conf/httpd.conf"
ROOT=0

if [ "$UID" != "$ROOT" ]; then
echo "Necesitas ser root para ejecutarme"
else
# (aqui usas el comando sed con una sentencia que perdona desconozco ya que sed y yo no somos amigos) o puedes usar echo, pero echo sencillamente pondria tu codigo en la ultima linea al final de httpd.conf.)
test -f $APACHE && echo "mi codigo" >> $APACHE
fi
exit $?;

o con Perl.... un poco mas liado

#!/usr/bin/perl
$APACHE="/etc/apache/httpd.conf";
open(AA,">>$APACHE") or die "$!\n";
my $BB = AA;
printf $BB( "mi codigo aqui bla bla bla"
close(AA);

mas o menos por ahi va la cosa aunque en ambos ejemplos no te estoy indicando la linea deseada que deseas seleccionar para insertar tu codigo, disculpa mi ignorancia cielo solo te he dado una pista por donde podrias comenzar.... y estoy cansadita a lo mejor cuando repose la mente me salga un script ahora ando agotada