Especifica si la app tiene una interfaz CLI (command-line interface) o GUI (graphical user-interface).

Si la aplicación tiene una interfaz por linea de comandos simplemente debes leer la documentación para saber como utilizar la app para automatizar la tarea de exportación desde un script.

Generalmente (dependiendo de la decisión del autor) deberías pdoer visualiar la ayuda command-line con alguno de estos comandos, en consola:

Contacta con el autor del software si es una app CLI y no sabes como hacer la tarea que necesitas.

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En caso contrario, es decir, si la app tiene una interfaz gráfica, debes recurrir a algún lenguaje capacitado y preferiblemente de alto nivel para que te proporcione cierta abstracción y comodidad para comunicarte con la app de manera relativamente sencilla y automatizarla para llevar a cabo la tarea que quieres.

En este sentido te recomiendo Vb.Net, C# o Visual C++ (la metodología es la misma en cualquiera de los mencionados) con el uso del framework de Microsoft UI Automation, que es parte de la librería de clases de .Net Framework, pero ya te aviso con antelación que requiere cierto nivel de comprensión sobre la programación, nadie te lo va a hacer gratis ya que requiere una previa inspección a fondo de la aplicación en cuestión, y luego, el desarrollo del algoritmo ...en el lenguaje que sea. Pero si te animas a elegir esa opción, puedes publicar tus progresos y te ayudaré(mos) a conseguir programarlo.

EDITO:
Otra opción mucho más sencilla (pero no tan eficiente) sería utilizar cualquier lenguaje de scripting para sintetizar pulsaciones del teclado y eventos del ratón, simular las acciones necesarias para hacer la exportación, vaya. Para esto primero escoje un lenguaje de programación, y publica tus progresos o pide orientación sobre como hacerlo en dicho lenguaje.

Espero que te haya servido de algo las indicaciones, se que no es mucha ayuda, pero tampoco diste muchos datos.

Saludos!