Hola!
Creo que eso sucede porque creas el directorio antes de cambiar al directorio destino.

Aqui:

os.system('mkdir' + ' ' + nombre) #creas el directorio
os.system('chdir' + destino)      #cambias al directorio destino
 

Prueba a poner primero el chdir y luego el mkdir a ver que tal.
Saludos!
pd: Por cierto, lo que haces en ese script(crear y cambiar de directorios, se puede hacer con funciones del modulo os (os.chdir y os.mkdir). Aqui explican el modulo os(son los documentos oficiales de python)

Hola!
Creo que el problema es que os.system("chdir" + destino) (al menos a mi)no cambia de directorio.
Mira este ejemplo:

>>> import os
>>> os.system("chdir" + "C://Archivos de programa")
1
>>> os.listdir(os.getcwd())[:2] #con 2 archivos basta
['DLLs', 'Doc']
>>> os.getcwd()
'C:\\python26'
>>>
>>>
>>> os.chdir("C://Archivos de programa")
>>> os.listdir(os.getcwd())[:2] #con 2 archivos basta
['2K Games', 'Adobe']
>>> os.getcwd()
'C:\\Archivos de programa'
>>> 
 

Prueba a cambiar las lineas que te comente antes(os.chdir y os.mkdir)
Saludos!

Hola!
Sin embargo usandolo desde el cmd cambia de directorios sin problemas =|
Espero que te funcione lo de usar el el chdir y mkdir del modulo os
Saludos!

Buenas,

Para que el comando chdir cambie de directorio, le tenés que pasar como parámetro la carpeta a la que querés que cambie, sino, devuelve el nombre del directorio actual. Algo así:

chdir C:\

Anduve probando, y para que te cree la carpeta en una ruta determinada, no hace falta usar el comando chdir. Con mkdir escribiendo la ruta completa hace lo mismo:

import os
 
carpeta = raw_input("Nombre carpeta: ")
directorio = raw_input("Nombre directorio: ")
 
os.system("mkdir" + " " + directorio + carpeta)

Siempre y cuando en la variable directorio se escriba toda la ruta, por ejemplo, C:\WINDOWS\.

Sin embargo, si los nombres de directorios en la ruta contienen varias palabras (Por ejemplo, en C:\Archivos de programa\), tenés que encerrar toda la ruta entre comillas. Así:

os.system("mkdir" + " " + "\"" + directorio + carpeta + "\"")

Notas:
- En vez de poner chdir y mkdir podrías usar cd y mk, hacen lo mismo.
- No es necesario poner la función str() con el raw_input(), ya que esta última convierte todo lo que se le pasa como argumento a string automáticamente.

Un saludo.