Hola todos de nuevo yo xD si recuerdan, lo ultimo que queria hacer era decirle a autoit que envie comandos a la consola CMD de windows para ejecutar condigo de java ya compilado asi que hice un codigo que hace eso, envia comandos y captura la respuesta por medio de la cmd, si no me equivoco eso es una de las cosas que me sugirio elektro.
Gracias Elektro (Y).

Para hacer mi codigo me base en este post:

https://foro.elhacker.net/scripting/funcion_autoit_cmd_prompt-t404085.0.html

Con ese post el trabajo ya estaba hecho  xD solamente lo que hice fue hacer una "version" en castellano con comentarios y hacer  que la funcion nos dejara establecer el timeoutlimit en milisegundos y que la funcion retorne el resultado en lugar de sobreescribir una avariable, de esa manera controlar las respuestas por separado.
Pero el funcionamiento del codigo es elmismo y se lo debo al autor de ese post llamado "79137913". Si quieren verlo:

link: https://drive.google.com/open?id=0B1i-JNEuRD1zbzlwaVB6cU9adGM

Asi que para ejecutar codigo java haria asi:


iniciarCMD(); Iniciamos consola cmd.

$comando1 = ejecutarComando("cd RutaArchivoJava",1000); le decimos al prompt q se hubique en la dir del archivo a ejecutar
$comando2 = ejecutarComando("java NombreJava",1000); le decimos que ejecute ese archivo por medio del comando 'java'

;se muestran resultado de esos comandos en consola
ConsoleWrite($comando1)
ConsoleWrite($comando2)

Mi siguiente problema en mi lista seria: como enviarle la src de la imagen a java, se supone que el codigo java debe recibir un String cifrado para descifrar y generar la imagen, dicho String lo obtiene autoit y autoit debe enviarselo a java.

Flujo de src:
encriptacion -----> autoit3 ----> java
                                        
Estaba pensando que autoit3 puede guardar la encriptacion en un archivo .txt y luego de eso ejecutar codigo java desde consola cmd, y java buscar la encriptacion en el mismo txt. Pero como siempre me gusta escuchar opiniones y seran agradecidas. Si hago eso el flujo de la encriptacion quedaria asi:

encriptacion -----> autoit3 ---------> archivo.txt -----> java

Saludos.

PD: elektro acerca del link que me enviaste sobre descifrar base64 directamente en autoit es algo que voy a tratar de hacer despues que logre lo dicho anteriormente, es cierto que deberia haber empezado por ahi pero ya estoy en este metodo jeje si logro que trabaje intentare descifrar y guardar la imagen directo con autoit3 sin java.



Edito:

Hice un codigo en java que descifra una imagen de acuerdo a una cadena cifrada contenida en un txt, y luego guarda la imagen. Subido a google drive.

link: https://drive.google.com/open?id=0B1i-JNEuRD1zTDVUNTZCQ3VXblk

Saludos.