Los permisos públicos en el servidor los he vuelto a revisar y todos estan habilitados
¿Has podido alojar algún .exe en algun servidor y el programa ha podido descargarlo?
Creo que te estás liando o yo no me estoy explicando bien...
El EXE que has alojado en tu FTP está mal, corrupto o hay algñun tipo de problema, ya que no se puede descargar... Si intentas acceder al EXE pinchando en un link normal (URL) tampoco se descarga, por eso motivo el updater tampoco puede descargar tu exe.
Revisa todo de nuevo, asegurate que pinchando en la URL de tu exe se pueda descargar, entonces verás que el updater también podrá.
Un saludo