Hay que hacer algunas modificaciones, se me ocurre lo siguiente:

Subir a tu FTP un archivo llamado version.txt dentro del fichero poner por ejemplo 1.1
El ejecutable principal de tu programa tendrá almacenada su versión actual, por ejemplo 1.0. El programa descarga el fichero version.txt y compara el 1.1 con 1.0, al ser distintos lanza un mensaje para que se active el lanzador. Te lo voy a escribir en pseudo-codigo:

Sub Main()
 MyVersion = "1.0"
 FTP_Version = DownloadFile("version.txt")
 If MyVersion <> FTP_Version Then
  If MsgBox "Hay una nueva version, deseas actualizar?" = vbYes Then
   Shell "smartupdater.exe /auto"
   End
  End If
End Sub
 

Sería eso a groso modo, evidentemente tienes que codearlo bien, con su sintaxis y todo. De todas fromas (sin acritud) desconozco ese "proyecto" importante que estás haciendo, pero si no eres capaz ni de programar una función similar... significa que no debe ser un "proyecto importante" como dices xD

He leído varios posts tuyos y tienes dudas de nivel-1. No quieras empezar una casa por el tejado