Hasta ahora he estado usando matlab para el procesamiento de imágenes, es muy cómodo para hacer un prototipo.

Sin embargo para integrarlo con otras aplicaciones no es tan sencillo, que yo sepa no se puede generar un programa ejecutable a invocar de manera independiente a todo el programa de matlab, que es lo que quiero, un programa que tiene de entrada dos imágenes y de salida una.

Quería hacer operaciones de matrices (mínimo, máximo, resta, suma, etc.) para normalizar las imágenes y hacer algunas cosas más. Tengo que usar una capa de transparencia, así que la librería que sea tiene que tener esa posibilidad.

¿Qué lenguaje de programación y librería podría usar para que sea factible?

Es decir, que implemente esas operaciones matriciales y maneje distintos tipos de ficheros de imagen de entrada y al menos png para la salida. Puedo hacerlo con bucles for, pero va a ser más mejor si la librería tiene una implementación a más bajo nivel que lo hace de manera más eficiente, si llega a usar la tarjeta gráfica aun mejor.