basicamente no hay uno o dos lenguajes en que este programado wndows, sino que dependiendo de la parte del SO que se mire, es el lenguaje usado....

El boot, y todo lo que es el arranque y manejo de dispotivos, osea, todo lod ebajo nive esta en ASM y C, depsues, al ya tener una interface y estar trabajando a alto nivel, se puede usar cuanto lenguaje se desee siempre que sea compatible cno el sistema; asi pues, no dudo que MS use C#.net y otos lenguajes para los programas que incorporan dentro de su sistema operativo, pero el trabajo de bajo nivel no deja de ser ASM, C, y lenguajes que trabajen a ese nivel.