Nosotros en la U utilizamos java y alli la documentación se basa a traves del javadoc, es decir son unas etiquetas que van en comentarios en las cuales pones lo que hara el code, y esto generara un html con toda la info que pusiste.
@author, @deprecated, @param, @return, @version y otras mas son las etiquetas usadas para documentar, es decir pones en la etiqueta correspondiente por ejemplo en @author ahi va el autor del code, y bueno así es el caso para java, te dejo un link de wikipedia que muestra mas detalles

.
http://es.wikipedia.org/wiki/Javadocsalu2 y espero te sirva de algo.
amerikano