Yo te recomendaría que guardaras todos los nombres de los archivos en un array, y que grabaras todos los datos del array en un fichero, en plan ficheros.txt. Al arrancar el programa cargarías toda la información en el array.

Si trabajas con Windows, otra opción es meterte de lleno con la API de Windows. Tienes funciones como DeleteFile(), FindFirstFileA(), FindNextFile(), etc.. pero si estás empezando a programar en C no te lo recomiendo.

Saludos.