¿Estas utilizando el build que corresponde?
Claramente en este ejemplo, no son iguales
Microsoft Windows [Versión 6.1.7601]
Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation. Reservados todos los derechos.
C:\Users\Usuario>C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v3.5\MSBuild.exe
Microsoft (R) Build Engine, versión 3.5.30729.5420
[Microsoft .NET Framework, versión 2.0.50727.5466]
Copyright (C) Microsoft Corporation 2007. Reservados todos los derechos.
MSBUILD : error MSB1003: Especifique un archivo de proyecto o de solución. El directorio de trabajo actual no contiene un archivo de proyecto ni de solución.
C:\Users\Usuario>C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\MSBuild.exe
Microsoft (R) Build Engine version 4.0.30319.17929
[Microsoft .NET Framework, version 4.0.30319.18047]
Copyright (C) Microsoft Corporation. All rights reserved.
MSBUILD :
error MSB1003: Specify a project or solution file. The current working directory does
not contain a project or solution file.
C:\Users\Usuario>