Hola!
Podrías usar una de las tantas herramientas para convertir existentes (hay muchisimas en inet); pero para automatizar tendrías que hacerlo tú (no conozco una tool que haga eso por defecto).
Ahora, si lo hicieras tu, necesitaría ffmpeg para convertir los video en audio (por ej. mp4 en mp3) y además, un lenguaje de scripting que te permita recorrer la carpeta (y subcarpetas que quieras).
Un ejemplo, podría ser en (el lenguaje) python:
import os
import subprocess
dir_path = 'G:\\movies'
ffmpeg_path = 'D:\\Tools\\ffmpeg\\bin\\ffmpeg.exe'
videos = []
for root, dirs, files in os.walk(dir_path):
for file in files:
if file.endswith('.mp4'):
videos.append(os.path.join(root, file))
for video in videos:
print('Processing {}'.format(video))
subprocess.Popen([ffmpeg_path, '-i', video, video.replace('.mp4', '.mp3')])
print('Done!'.format(video))
El script anterior va a recorrer todos los subdirectorios dentro de
G:\movies y va a usar ffmpeg (ubicado en
D:\Tools\ffmpeg\bin\ffmpeg.exe) para convertirlos en mp3.
Los archivos quedarían junto a los de los videos. Por supuesto, necesitarás instalar python para ejecutar el script.
Esto es sólo para que tengas una idea...
Saludos!