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¿Cada sistema tiene su propia API?
Si, cada sistema tiene su propia API, esas son básicamente las funciones directas del sistema operativo, si quieres interactuar con el, no tienes más opción... esto no es standard ni los creadores están obligado a seguir algún patrón... ellos solo prestan las funciones que parecerían útiles
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lo que si se, es que acceder desde Java a la misma es mala practica
Claro, porque se supone que java corre donde caiga y si tiene una api de windows e intenta correr en linux, ahí murió (no se si tenga implicaciones de seguridad más profundas)