existe la columna cookie en la tabla?

simplemente deberias comprobar que la cantidad de filas que devuelva la query sea 1 y entonces setear las cookie, si no el echo

ademas tienes un error aqui:

$cuenta=$_POST[cuenta];
$pass=sha1($_POST[contra]);

faltan las comillas mejor deberias postear el error que te da tu script

Intenta así:

<?php
include(dirname(__file__).'/configuracion.php');
 
if($res = mysql_query('
	select * from usuario where
	Usuario="'.mysql_real_escape_string($_POST['cuenta']).'" and
	Passhash="'.mysql_real_escape_string(sha1($_POST['contra'])).'"
	limit 1
')){
	//$valor = mysql_fetch_array($resultado); /* Para que? */
	mysql_free_result($res);
	if(headers_sent())
		echo '<span style="color:red;font-weight:bold;">Imposible crear una nueva cabecera.</span>';
	else
		setcookie ('identificado', 'yes', null, '/');
}else{
?>
<span style="color:red;font-weight:bold;">Disculpe, los datos introducidos no coenciden</span>
<?php } ?>

Recuerda que no puedes declarar una cookie si ya has enviado texto en la webya que esta se declara en el header y el header se envía una sola ves.

Bien, ya lo solucioné de una forma mucho más ordenada:

<?php
include("config.php");
include("funciones.php");
 
 $cuenta=$_POST[cuenta];
 $pass=$_POST[contra];
 
//Comprueba/mira/elimina Cookies 
if($_COOKIE["valorco"]==NULL){
	//si no existe cookie
 
	if($cuenta != NULL || $pass != NULL){ //FC
 
	$cook=SacarCookie(limpiasql($cuenta),limpiasql($pass));
 
		if($cook != NULL){
			setcookie ("valorco", $cook, time () + 604800);
		}else{
			echo('<font color="red">Disculpe, los datos introducidos no coenciden</font>');
		};
	};
};

Gracias por la ayuda igualmente.