Es algo sencillo pero esque no encuentro como en una tabla puedo ingresar un nuevo campo, en este caso seria ID_Prueba xD pero esque no se como ponerle, uso phpMyAdmin

cuando lo escribas en php, no añadas las comillas simples... tambien puedes especificar despues de que row quieres que se añada el nuevo...

ALTER TABLE tabla ADD nuevorow INT NOT NULL AUTO_INCREMENT AFTER rowanteriror;

en php sería ,,,
$add = mysql_query("ALTER TABLE prueba ADD ID_Prueba INT NOT NULL AUTO_INCREMENT AFTER id", $linkdeconexión);